На основании Учредительного Акта М.А.П., который был принят на учредительной Генеральной Ассамблее в Афинах в 1993 г. и в котором были внесены поправки на Генеральной Ассамблее в Софии в 1996 г., парламентские делегации или депутатские группы вышеуказанных парламентов принимают участие в М.А.П. в качестве членов Ассамблеи. Органами Ассамблеи являются:
• Генеральная Ассамблея: Это наивысший орган М.А.П.5, состоящий из парламентских делегаций всех стран-участниц. Ее работой руководит Президент Генеральной Ассамблеи, избираемый пленумом Генеральной Ассамблеи. Генеральная Ассамблея созывается один раз в году, в июне месяце.
• Международный Секретариат.
- Генеральный секретарь, заместитель Генерального секретаря, казначей и семь членов, среди которых постоянные члены-один депутат из Греции и один России, составляют Международный Секретариат М.А.П.
- Международный Секретариат имеет двух советников, которые не являются депутатами.
- Международный Секретариат несет ответственность за формирование своих 8 Комиссий: Финансовой комиссии, Комиссии по правам человека, Комиссии по образованию, Комиссии по регламенту, Комиссии по социальной деятельности, Комиссии по культуре, Комиссии по биоэтике и Комиссии по международной политике.
Срок полномочий членов Международного Секретариата, Президента Генеральной Ассамблеи и членов Комиссий двухгодичный.